Summary:
Os genes Housekeeping (HKG) ou genes de referência são necessários para a manutenção das funções celulares basais, as quais são essenciais para a sobrevivências das células. Os métodos de aprendizado de máquinas são aplicados em diferentes áreas dentro da genética e genômica, permitindo a interpretação de grandes conjuntos de dados, como aqueles relacionados à expressão gênica. Uma das técnicas mais usadas são os algoritmos de agrupamento, técnica que permite definir grupos de genes com perfis de expressão similares, o que possibilita o estudo quanto à função e à interação dos genes. A corynebacterium pseudotuberculosis, um patógeno intracelular facultativo, que infecta principalmente ovelhas, cabras, equinos, entre outros ocasionando a doença linfadenite caseosa. Neste trabalho, é apresentada uma nova metodologia para a identificação de genes Housekeeping in-silico através de técnicas de aprendizado de máquina e dados de expressão genica de RNA-seq. Para a aplicação desta nova abordagem, foram utilizadas técnicas não supervisionadas de agrupamentose métricas estatísticas de avaliação e distância para o processamento e análises dos dados genômicos.
Author:
Edian F. Franco
Biographie:
Doutorando em Biotecnologia pela Universidade Federal do Para (UFPa). Mestre em ciência da computação- UFPa (2017) e graduação em engenharia de Sistemas - Universidad del Instituto Cultural Domínico-Americano (2013). Trabalha com pesquisas em de técnicas de aprendizado de máquina e aprendizado profundo aplicadas a dados genômicos/transcriptômicos e análises de genomas. Atualmente realiza pesquisas no Laboratório de Engenharia-UFPa e professor no Instituto Tecnológico de Santo Domingo.
Author:
Rommel T. J. Ramos
Biographie:
Author:
Jefferson M de Morais
Biographie:
Number of Pages:
108
Book language:
Portuguese
Published On:
2020-06-22
ISBN:
9786200809452
Publishing House:
Novas Edições Acadêmicas
Keywords:
Housekeeping, RNA-Seq, clustering, Machine Learning, Next Generation Sequence, Euclidean distance, corynebacterium pseudotuberculosis
Product category:
SCIENCE / Genetics