9786200809452

Abordagem computacional

para a identificação de candidatos a genes housekeeping por meio de técnicas de aprendizado de máquina em dados de RNA-seq de Corynebacterium pseudotuberculosis

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Summary:

Os genes Housekeeping (HKG) ou genes de referência são necessários para a manutenção das funções celulares basais, as quais são essenciais para a sobrevivências das células. Os métodos de aprendizado de máquinas são aplicados em diferentes áreas dentro da genética e genômica, permitindo a interpretação de grandes conjuntos de dados, como aqueles relacionados à expressão gênica. Uma das técnicas mais usadas são os algoritmos de agrupamento, técnica que permite definir grupos de genes com perfis de expressão similares, o que possibilita o estudo quanto à função e à interação dos genes. A corynebacterium pseudotuberculosis, um patógeno intracelular facultativo, que infecta principalmente ovelhas, cabras, equinos, entre outros ocasionando a doença linfadenite caseosa. Neste trabalho, é apresentada uma nova metodologia para a identificação de genes Housekeeping in-silico através de técnicas de aprendizado de máquina e dados de expressão genica de RNA-seq. Para a aplicação desta nova abordagem, foram utilizadas técnicas não supervisionadas de agrupamentose métricas estatísticas de avaliação e distância para o processamento e análises dos dados genômicos.

Author:

Edian F. Franco

Biographie:

Doutorando em Biotecnologia pela Universidade Federal do Para (UFPa). Mestre em ciência da computação- UFPa (2017) e graduação em engenharia de Sistemas - Universidad del Instituto Cultural Domínico-Americano (2013). Trabalha com pesquisas em de técnicas de aprendizado de máquina e aprendizado profundo aplicadas a dados genômicos/transcriptômicos e análises de genomas. Atualmente realiza pesquisas no Laboratório de Engenharia-UFPa e professor no Instituto Tecnológico de Santo Domingo. 

Author:

Rommel T. J. Ramos

Biographie:

Author:

Jefferson M de Morais

Biographie:

Number of Pages:

108

Book language:

Portuguese

Published On:

2020-06-22

ISBN:

9786200809452

Publishing House:

Novas Edições Acadêmicas

Keywords:

Housekeeping, RNA-Seq, clustering, Machine Learning, Next Generation Sequence, Euclidean distance, corynebacterium pseudotuberculosis

Product category:

SCIENCE / Genetics