9786202557979

NGSReadsTreatment

Ferramenta Baseada em Cuckoo Filter para Remoção de Redundância em Dados de Sequenciadores de Segunda Geração (NGS)

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Summary:

As plataformas de sequenciamento de segunda geração também conhecidas como NGS - Next Generation Sequencing produzem grande volume de dados, o que demanda alta complexidade e custo computacional no processamento destes dados. Essas plataformas geram leituras duplicadas que surgem na preparação da biblioteca genômica e são introduzidas na etapa de amplificação por PCR. Essa redundância de leituras pode aumentar os requisitos computacionais e tempo de processamento de análises subsequentes (exemplo, a montagem de novo). Para reduzir o custo computacional dessas análises é necessário realizar a remoção dessas leituras do conjunto de dados do organismo sequenciado. Neste livro apresentamos o NGSReadsTreatment uma ferramenta computacional para a remoção de leituras duplicadas em conjuntos de dados pareados ou fragmentos. A entrada de dados consiste em leituras oriundas de qualquer plataforma de sequenciamento com o mesmo ou diferentes comprimentos. A sua engine utiliza a estrutura probabilística Cuckoo Filter para identificar e remover as leituras redundantes, a identificação é feita comparando as leituras entre si, assim, nenhum pré-requisito é necessário além do conjunto de leituras.

Author:

Antonio Sérgio Cruz Gaia

Biographie:

Possui Graduação em Tecnologia em Processamento de Dados e em Ciências Contábeis, com Especialização em Sistemas de Banco de Dados e Mestrado em Computação Aplicada. Atualmente é Analista de TI do IFPA e Pesquisador colaborador do LDS Campus Tucuruí-UFPA. Tem experiência na área de Ciência da Computação, desenvolvimento de softwares em Java e PHP. 

Author:

Adonney Allan de Oliveira Veras

Biographie:

Number of Pages:

120

Book language:

Portuguese

Published On:

2020-06-20

ISBN:

9786202557979

Publishing House:

Novas Edições Acadêmicas

Keywords:

NGS, Redundância, Bioinformática, Software

Product category:

SCIENCE / Genetics